物語は、1985 年のオリジナル ビデオ アニメのメガゾーン 23 とは異なるスペース コロニー船団であるメガゾーン 11 を舞台にしています。 Megazone 11 のマスターシップは東京などの地球都市をリアルにシミュレーションして設計されており、2020 年頃の日本の小さな地方都市に似せて設計された衛星船もあります。
主人公のさくらは、その衛星船で暮らす平凡な中学2年生。彼女は、オンラインでできた友達のイブと歌のデュオの一員として秘密の生活を送っています。マスターシップで抵抗運動が激化する。独立するには艦隊を制御するシステム「ティアマト」を掌握する必要があるが、その鍵は80年前の戦闘で失われた。再出現の噂が浮上する中、レジスタンスと政府の両方がその鍵を探している。ある日、イブに会うために東京船で秋葉原を訪れていたさくらは、駅でのテロ事件に巻き込まれる。イブが遠隔操作でサクラを安全な場所に誘導していると、サクラはイブに使うように言われた変形バイクロボットメカ、ガーランドXIに遭遇する。